在来軸組工法の構造は基本的に柱と梁の軸組みで構成された工法です。
もう少し詳しく説明しますと、まず土台があります。この土台は１０．５ｃｍ角（１２ｃｍ角）の木材（防腐防蟻処理された薬剤注入材）を基礎の上に設置します。基礎の上に設置した土台は基礎から出ているボルトにて締結していきます。
その後、土台にあいたホゾ穴に柱を差し込みます。柱は梁の成（高さ）にあわせて長さを決めます。その後は梁（２階部分）や桁、胴差（外回りの梁）を柱のホゾ穴に挿していきます。梁にはホゾ穴が開いていますので、そのホゾ穴にまた２階用の柱を指していきます。
その後は小屋桁を乗せて行きます。その小屋桁の上に小屋束と呼ばれる小さな柱をホゾ穴に差込ます。その束に母屋（屋根の下地となる垂木（たるき）を受ける横架材）を乗せて行きます。これが在来軸組工法の主な構造材です。
構造材同士は構造金物で締結していき、柱や束などは専用の金物で締結していきます。最近の構造用金物は鉄釘から、ビス式の金物が多くなってきています。構造材を立て込み終わったら、柱の立ち（傾き）を見て、垂直になるように仮筋かいをうって固定していきます。小屋については小屋筋かい、雲筋かいをうって立ちを見ていきます。
このようにして、建物を垂直、直角にした後に筋かいを入れていきます。筋かいを入れたら、筋かい用の金物を取り付けていきます。大体このような流れで在来軸組工法の構造は構成されていきます。